Клуб был основан блогером Михаилом Литвиным 1 июля 2020. Назван по месту рождения его основателя. Эмблема клуба включает в себя изображение маяка Анива — одного из символов Сахалина.
Первым матчем в истории «Сахалинец» стала контрольная встреча на первых в истории сборах команды в Ессентуках, проигранная одноимённому местному клубу со счётом 1:4.
3 марта 2021 «Сахалинец» стал победителем Зимнего кубка Президента МФФ, победив «Росич» со счётом 6:1.
В сезонах 2020 и 2021 годов участвовал в чемпионате Москвы (Дивизион «А») в рамках первенства России (III дивизион), а также Кубке Москвы среди ЛФК.
29 мая 2022 «Сахалинец» прошёл лицензирование для выступлений во Втором дивизионе ФНЛ, таким образом получив статус профессионального клуба.
Сезон во второй лиге клуб начал с двух побед в Москве (над «Родиной-2» — 2:0 и «Пересветом» — 3:0, 16 и 24 июля), 30 июля в 3-м туре в Рязани проиграл одноимённому клубу (1:2). Владелец «Сахалинца» Михаил Литвин, заявленный также как игрок, находясь на скамейке запасных, на 60-й минуте получил красную карточку за нецензурную брань, когда был недоволен перебитием отражённого вратарём «Сахалинца» одиннадцатиметрового удара. После матча Литвин ударил двумя кулаками судью матча Станислава Исаева и после вызова полицией следственной группы скрылся через чёрный ход. На заседании контрольно-дисциплинарного комитета РФС (на которое Литвин был приглашён, но не явился) было принято решение дисквалифицировать Литвина на полтора года во всех соревнованиях под эгидой РФС и оштрафовать на 300 тысяч рублей за оскорбительное поведение и оказание физического воздействия на главного арбитра матча. Экспертно-судейской комиссией при президенте РФС был вынесен вердикт об ошибочности назначения пенальти (в единоборстве за верховой мяч, закончившемся столкновением, вратарь команды «Сахалинец» первым сыграл в мяч рукой, судья должен был назначить штрафной удар в пользу «Сахалинца»), при этом, по мнению автора telegram-канала «Алё, реф», решение перебивать одиннадцатиметровый было верным, так как вратарь сделал пару шагов с линии.
6 августа 2022 года в поединке первенства «Сахалинец» потерпел самое крупное поражение в истории (1:7) от клуба «Авангард» (Курск).
17 августа 2022 «Сахалинец» дебютировал в кубке России: в матче с «Балашихой» одержал победу со счётом 1:0.
РАСФОРМИРОВАН В ФЕВРАЛЕ 2024 ГОДА.
